川島です。
一部分だけ。
> 他に、サウンドとシリアルの外部回路の on/off が GPIO につながって
> います。（これは LinuxVR の方でわかっているんでしたっけ？）
はい。シリアルとスピーカーの電源 On/Off に関しては情報が
集まっています。
linux/include/asm-mips/vr41xx-platdep.h
に記述されています。
もし必要でしたら整理してお送りします。
(素のままだと少々大きいのと、GPL 的な問題がありそうなので)
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Kawashima